Câu chuyện bắt đầu khi học sinh trung học Kazuki Muto bị giết vào một đêm để cứu một cô gái bí ẩn khỏi một con quái vật, chỉ để thức dậy trong ký túc xá của trường mình, tin rằng đó chỉ là một giấc mơ; tuy nhiên, anh sớm phát hiện ra rằng giấc mơ đó hoàn toàn không phải là giấc mơ khi một con quái vật ngoằn ngoèo khổng lồ tấn công anh và em gái anh. Tokiko Tsumura, cô gái được anh cứu, giải thích rằng con quái vật là một homunculus. Kazuki đã bị nó tấn công và giết chết khi cậu đang giải cứu cô ấy; tuy nhiên, cô ấy, cảm thấy có trách nhiệm với anh ấy, đã hồi sinh anh ấy bằng cách đặt một huy chương Kakugane vào ngực anh ấy, dùng như một trái tim thay thế.
Kakugane, như Tokiko giải thích, là một thiết bị giả kim, khi được kích hoạt, sẽ có một định dạng nhất định dựa trên người dùng Kakugane, tạo thành một Buso Renkin độc nhất. Buso Renkin là thứ duy nhất có thể tiêu diệt một con quái vật homunculus. Sử dụng điều này, Kazuki tạo ra Buso Renkin của riêng mình ("Trái tim ánh sáng", một cây thương khổng lồ). Cùng với Tokiko và Buso Renkin của chính cô ấy ("Valkyrie Skirt", một lưỡi hái hành quyết), Kazuki tham gia cuộc chiến chống lại người homunculi và chủ nhân của chúng.