Makoto Konno đang học năm cuối trung học nhưng đang gặp khó khăn trong việc quyết định phải làm gì với tương lai của mình. Giữa lúc chịu đựng áp lực của giáo viên và giết thời gian với những người bạn thân nhất của mình, cuộc sống của Makoto đột ngột thay đổi khi cô vô tình phát hiện ra rằng mình có khả năng vượt thời gian theo đúng nghĩa đen.
Toki wo Kakeru Shoujo theo chân Makoto khi cô chơi đùa với sức mạnh mới tìm thấy của mình. Tuy nhiên, cô ấy sớm nhận ra một cách khó khăn rằng mọi lựa chọn đều có hậu quả và thời gian phức tạp hơn nhiều so với vẻ ngoài của nó.