Trong câu chuyện của bộ phim, có một vụ nổ bất ngờ tại cơ sở Edge of Ocean khổng lồ của Tokyo Summit. Cái bóng của Tooru Amuro, người làm việc cho Cục An ninh Cơ quan Cảnh sát Quốc gia với cái tên Zero, xuất hiện tại địa điểm này. Ngoài ra, nhân vật "ba mặt" được biết đến với tên Rei Furuya là thám tử và là người học việc của Kogorou Mouri, và anh ta còn được gọi là Bourbon với tư cách là thành viên của Tổ chức Áo đen. Kogorou bị bắt vì là nghi phạm trong vụ nổ. Conan tiến hành một cuộc điều tra để chứng minh Kogorou vô tội, nhưng Amuro cản đường anh ta.