Kei Narutani và người bạn thời thơ ấu của anh, Song Minghua, là những người tị nạn Trung Quốc đang chạy trốn khỏi Zai, một tổ chức bí ẩn khủng bố đất nước và người dân của họ một cách bừa bãi. May mắn thay, trong quá trình trốn sang Nhật Bản, họ được cứu bởi một chiếc máy bay lạ màu đỏ.
Niềm đam mê của Kei với chiếc máy bay này đã đưa anh đến gặp vị cứu tinh của mình: một cô gái là "Anima"—phi công của một loại máy bay độc đáo có tên là "Daughter". Cô gái đi ngang qua Gripen, một chiếc máy bay chiến đấu JAS-39F đáng yêu. Kei nảy sinh tình cảm với Gripen và sau đó được Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản tuyển dụng để giúp Gripen vượt qua những khó khăn khi bay.
Sau đó được tham gia bởi Eagle, một chiếc F-15J-ANM vô tư và Phantom, một chiếc RF-4EJ-ANM kiêu hãnh, phi đội cầm vũ khí, quyết tâm bảo vệ nhân loại. Cùng nhau, năm cá nhân chiến đấu chống lại Zai xâm lược, tạo thành tuyến phòng thủ cuối cùng chống lại thế lực ngoài hành tinh đang đe dọa.