Kanenone Gakuen là một trường nội trú toàn nam sinh nằm ở vùng nông thôn của Nhật Bản. Mặc dù trường học toàn nam không có gì mới, nhưng cuộc sống có thể trở nên khá khó khăn khi không có học sinh nữ ở hàng km xung quanh. Để hỗ trợ sức khỏe tâm lý của tất cả mọi người tham gia, ban giám hiệu đã quyết định cố gắng sáp nhập với trường nội trú toàn nữ gần nhất để trở thành đồng giáo viên. Các chàng trai của Kanenone tỏ ra phấn khích trước viễn cảnh này, còn các cô gái thì tò mò không biết cuộc sống ở trường sẽ thú vị như thế nào nếu có nhiều nam sinh xung quanh. Trước khi đưa ra bất kỳ quyết định nghiêm túc nào, các cô gái đã được mời ở lại Kanenone trong một tháng như một bài kiểm tra.
Green Green theo chân Yuusuke Takazaki và những người bạn cùng phòng nghịch ngợm của anh ấy được gọi là Bộ ba Baka (Ngốc), và khả năng nói chuyện với các cô gái mà không hề làm cho bản thân trở nên ngốc nghếch. Nhưng ngay khi xe buýt chở các cô gái đến trường, mọi thứ trở nên kỳ lạ, kích thích tố và cuồng loạn. Đặc biệt, một cô gái tên Midori Chitose nhảy xuống xe và ngay lập tức ôm lấy Yuusuke đang rất bối rối. Anh ta là một người đàn ông tự nhiên của phụ nữ, hay hai người họ có một lịch sử chung mà anh ta không biết?