Ở Nhật Bản thời phong kiến, người dân Edo đang bị bao vây bởi những con côn trùng khổng lồ tàn phá đất đai. Người dân tuyệt vọng cầu xin chính phủ làm điều gì đó về nó. Do đó, Văn phòng Giám đốc Côn trùng được thành lập, tập hợp những chiến binh mạnh mẽ để bảo vệ chống lại sự tấn công của dịch hại.
Mushibugyou theo chân Jinbee Tsukishima, một chàng trai trẻ đang phấn đấu trở thành một kiếm sĩ bậc thầy như cha mình. Để chuộc lỗi cho một sự cố khủng khiếp xảy ra do lỗi của mình, Jinbee tìm cách thay thế cha mình với tư cách là thành viên của Văn phòng thẩm phán côn trùng. Trên hành trình đến đó, anh gặp Haru đáng yêu, một phụ nữ trẻ giúp quản lý quán trà của gia đình cô, và buộc phải sử dụng thanh kiếm của mình để cứu cô khỏi một số phận rùng rợn. Hành động dũng cảm này đã giúp anh có được một vị trí trong Insect Magistrate. Liệu kẻ tiêu diệt tân binh này có thể thoát khỏi vùng đất của đám côn trùng đang tràn vào?