Do lựa chọn lối sống không tốt, cơ thể của một người nào đó luôn trong tình trạng hỗn loạn. Với rất nhiều vi trùng, vi khuẩn và các chất lạ, công việc của các tế bào khác nhau ngày càng trở nên khó khăn và nguy hiểm. Là một số người không may trưởng thành trong môi trường hỗn loạn này, Sekkekkyuu AA2153 và Hakkekkyuu U-1196 cố gắng hoàn thành nhiệm vụ của mình ngay cả khi điều đó có nghĩa là phải chứng kiến nhiều đồng đội của họ hy sinh mạng sống khi làm nhiệm vụ.
Lấy bối cảnh trong một môi trường rất khác so với câu chuyện gốc của nó, Hataraku Saibou Black miêu tả cuộc đấu tranh của các tế bào khi chúng cố gắng duy trì sức khỏe của cơ thể. Tuy nhiên, tình trạng của con người tiếp tục xấu đi, và liệu những nỗ lực này có đạt được kết quả cụ thể hay không phụ thuộc vào các tế bào!