Vào năm 0096 của Thế kỷ Vũ trụ, một nền hòa bình mong manh xuất hiện từ đống tro tàn của xung đột. Học sinh mười sáu tuổi Banagher Links đến thăm thuộc địa không gian Công nghiệp 7 trong một chuyến đi thực tế của trường, nhưng vì một tàu con thoi bị hỏng, anh ta bị mắc kẹt hoàn toàn.
Đối với Banagher, người luôn sống một cuộc sống bình thường, chiến tranh luôn là một phần xa vời, gần như thần thoại của lịch sử; nhưng chỉ trong vài phút, điều tưởng tượng đã trở thành hiện thực khi anh giải cứu một cô gái tên là Audrey Burne, người cần gặp gấp thủ lĩnh của Tổ chức Vist gần đó, Cardeas Vist. Cô ấy hy vọng sẽ thuyết phục được anh ta giữ lại "Chiếc hộp của Laplace", một vật thể có khả năng hủy diệt thế giới. Lịch sử bắt đầu chuyển động khi các lực lượng thiên hà hội tụ tại Công nghiệp 7, mỗi bên tranh giành quyền sở hữu Chiếc hộp của Laplace. Khi tàn quân Neo Zeon đụng độ với Lực lượng Liên bang Trái đất xung quanh thuộc địa, Cardeas, trong những giây phút cuối cùng của mình, đã đưa cho Banagher chìa khóa của Chiếc hộp, một bộ đồ di động có tên là "The Unicorn Gundam".
Đầy ắp những pha hành động bùng nổ và căng thẳng gia tăng, Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096 theo chân Banagher khi niềm tin của anh ta được thử thách và vận mệnh đã ngủ yên trong hơn một thế kỷ cuối cùng cũng thành hiện thực.