Câu chuyện lấy bối cảnh ở quận Nagasaki ở thành phố Minami Shimabara, nguồn gốc truyền thuyết của Cuộc nổi dậy Shimabara đã gây ra làn sóng chấn động khắp Nhật Bản vào đầu thời kỳ Edo. Đây cũng là nơi một học sinh trung học năm thứ ba tên Shirou dành những ngày tháng của mình với những người bạn cùng trường.
Vào một ngày mùa hè, người bạn thời thơ ấu của Shirou là Akane trở về Minami Shimabara từ Tokyo. Shirou và Akane đi dạo quanh Minami Shimabara với một người bạn lâu năm khác, Tokiya. Trong khi những người bạn này đang đối mặt với nỗi nhớ và những cảm giác phức tạp hơn, một sinh vật bí ẩn tên là Goron đột nhiên xuất hiện trước mặt họ. Cuộc gặp gỡ với một sinh vật nhỏ bé đơn thuần lại khiến những sự kiện lớn xảy ra một lần nữa trong thành phố này