Những người bạn thân nhất Yuu, Haru và Kotona cùng nhau tận hưởng cuộc sống trung học yên bình. Tuy nhiên, một ngày nọ, một người đàn ông khả nghi truy đuổi và đâm Kotona một thảm họa mà Yuu và Haru không thể ngăn chặn. Trong lúc vội vã bế cô gái đến bệnh viện, hai chàng trai suýt bị một chiếc xe tải đâm nhưng may mắn là không hề hấn gì. Thay vào đó, họ thấy mình đang ở trong một vương quốc giống như trong truyện cổ tích với sự đa dạng kỳ lạ về con người và những sinh vật tuyệt vời.
Trước sự ngạc nhiên của họ, các chàng trai phát hiện ra rằng Yuu, người đã phải ngồi xe lăn từ nhỏ, giờ đã có thể đi lại! Tuy nhiên, họ không có thời gian để suy nghĩ về tình huống khó hiểu, vì bạn của họ đã ra đi. Lên đường đi tìm Kotona, Yuu và Haru dừng lại ở một quán rượu địa phương để hỏi về cô ấy. Nhưng khi xem bức ảnh của Asha, công chúa của vương quốc, cả hai đã có một tiết lộ gây sốc.
Kể lại một cuộc phiêu lưu phi thường trong một thế giới phép thuật, Ni no Kuni thể hiện mối liên hệ đặc biệt giữa hai thế giới riêng biệt nhưng song song và biểu hiện của nó về mối quan hệ giữa các cá nhân.