Đối với Oz Vessalius trẻ tuổi, người thừa kế của Nhà Công tước Vessalius, thế giới đầy hiểm nguy được gọi là Vực thẳm không gì khác hơn là một câu chuyện dân gian dùng để dọa những đứa trẻ có hành vi sai trái. Tuy nhiên, khi nghi lễ đón tuổi của Oz bị gián đoạn bởi Gia tộc Baskerville ác ý muốn trục xuất anh ta xuống vực sâu của Vực thẳm, người thừa kế Vessalius nhận ra rằng cuộc sống xa hoa yên bình của anh ta đã kết thúc. Giờ đây, anh phải đối đầu với thế giới của Abyss và những cư dân của nó, những "Chuỗi" quái dị, cả hai đều không hoàn toàn là giả như anh từng tin.
Dựa trên bộ truyện tranh giả tưởng siêu nhiên cùng tên, Pandora Hearts kể về cuộc hành trình của cậu bé Oz mười lăm tuổi nhằm khám phá ý nghĩa đằng sau những sự kiện kỳ lạ đã ập đến cuộc đời cậu. Được trợ giúp bởi một Chain bí ẩn tên là Alice, có biệt danh là "Bloodstained Black Rabbit", và các thành viên của một tổ chức bí mật được gọi là "Pandora", Oz bắt đầu nhận ra sự tồn tại của mình có thể có nhiều ý nghĩa hơn những gì anh có thể tưởng tượng.