Lain Iwakura, một cô gái mười bốn tuổi vụng về và sống nội tâm, là một trong số nhiều nữ sinh ở trường nhận được email đáng lo ngại từ bạn cùng lớp Chisa Yomoda chính là Chisa vừa mới tự tử. Lain không có mong muốn cũng như kinh nghiệm để xử lý ngay cả công nghệ cơ bản; tuy nhiên, khi người sợ công nghệ mở email, nó sẽ dẫn cô ấy thẳng đến Wired, một thế giới ảo của các mạng truyền thông tương tự như những gì chúng ta gọi là internet. Cuộc sống của Lain bị đảo lộn khi cô lần lượt chạm trán với những bí ẩn khó hiểu. Những người đàn ông lạ mặt được gọi là Men in Black bắt đầu xuất hiện ở bất cứ nơi nào cô ấy đến, đặt câu hỏi cho cô ấy và bằng cách nào đó biết nhiều về cô ấy hơn cả bản thân cô ấy biết. Với ranh giới giữa thực tế và không gian mạng nhanh chóng bị xóa nhòa, Lain bị cuốn vào những sự kiện siêu thực và kỳ lạ hơn, nơi danh tính, ý thức và nhận thức là những khái niệm mang ý nghĩa mới.
Được viết bởi Chiaki J. Konaka, người có các tác phẩm khác bao gồm Texhnolyze, Serial Experiments Lain là một bộ truyện bí ẩn tâm lý tiên phong theo sau Lain khi cô ấy đưa ra những lựa chọn quan trọng sẽ ảnh hưởng đến cả thế giới thực và Wired. Khi khép lại một thế giới và mở ra một thế giới khác, chỉ có Lain mới nhận ra tầm quan trọng của sự hiện diện của họ.