Vào ngày đầu tiên đến trường trung học cơ sở, Mato Kuroi gặp Yomi Takanashi. Mặc dù ban đầu Yomi ngạc nhiên trước tính cách thẳng thắn của Mato, nhưng cặp đôi nhanh chóng trở thành bạn bè và bắt đầu dành thời gian cho nhau hàng ngày. Như một dấu hiệu của tình bạn của họ, Mato đưa cho Yomi một chiếc điện thoại di động quyến rũ — một ngôi sao màu xanh lam, giống hệt ngôi sao của cô ấy.
Tuy nhiên, khi cả hai bước vào năm thứ hai, mối quan hệ của họ bắt đầu thay đổi. Được xếp vào một lớp khác, thay vào đó, Mato bắt đầu dành nhiều thời gian hơn cho Yuu Koutari, một cô gái mà cô gặp trong đội bóng rổ. Trên thực tế, những người bạn thân trước đây đã xa nhau đến mức Mato không thể tìm thấy Yomi ở bất cứ đâu, như thể cô ấy đã biến mất hoàn toàn.
Ở những nơi khác, Black★Rock Shooter đang thực hiện nhiệm vụ đánh bại Master đã chết. Hai người này, tuy trái ngược nhau, nhưng lại có mối liên hệ không khác gì Mato và Yomi. Khi câu chuyện của họ bắt đầu đan xen, có vẻ như sự biến mất của Yomi có thể liên quan đến lá bùa hình ngôi sao xanh và chính tay súng huyền thoại.