Nhiều thập kỷ trong tương lai, nhân loại đang bị bao vây bởi một chủng tộc ngoài hành tinh được gọi là Novas. Những sinh vật vô nhân đạo này để lại sự tàn phá trong sự thức tỉnh của họ bất cứ khi nào chúng xuất hiện, với những nỗ lực ngăn chặn chúng trở thành những cuộc đụng độ Nova. Những phụ nữ trẻ được gọi là "Pandoras" và nam thanh niên được gọi là "Người giới hạn" được cấy dấu thánh để mang lại cho họ sức mạnh siêu phàm và được đào tạo trong các học viện quân sự, nơi họ phải học cách làm việc cùng nhau nếu nhân loại có cơ hội sống sót.
Freezing kể về câu chuyện của Kazuya Aoi khi anh ấy bắt đầu ngày đầu tiên của mình tại học viện quân sự West Genetics, ngay khi một trận chiến royale đang được thực hiện bởi Pandoras. Tại đây, anh ta nhầm Satellizer el Bridget - một Pandora quyền năng được mệnh danh là "Nữ hoàng không thể chạm tới" - là em gái đã qua đời của anh ta và ôm lấy cô ấy. Mặc dù anh ấy đã khiến cô ấy phải trả giá bằng trận đấu, nhưng cô ấy thấy rằng sự đụng chạm của anh ấy không khiến cô ấy rời đi và quyết định lấy anh ấy làm Limiter của cô ấy. Câu hỏi duy nhất là liệu mối quan hệ đối tác của họ có thể tồn tại trước mưu đồ của các đàn anh và trận chiến sắp xảy ra với Novas…