Sau trận chiến khốc liệt ở Rakuyou, quá khứ chưa kể và mục tiêu thực sự của thủ lĩnh Naraku bất tử, Utsuro, cuối cùng cũng được tiết lộ. Bằng cách làm hỏng nguồn dự trữ Altana của một số hành tinh, Utsuro đã kích hoạt thành công sự can thiệp của kẻ thù lớn nhất của Tendoshuu: Quân đội Giải phóng Altana. Với Trái đất là chiến trường chính trong cuộc chiến liên hành tinh này, kế hoạch tổng thể của Utsuro nhằm hủy diệt hành tinh này và bản thân ông đã gần hoàn tất.
Cuộc tấn công vào Nhà ga trung tâm O-Edo đánh dấu sự khởi đầu của trận chiến cuối cùng để giành lại vùng đất của các samurai. Khi Yorozuya không còn xuất hiện, Mạc phủ gần như sụp đổ và Shogun mất tích, người dân hoàn toàn bất lực khi Quân đội Giải phóng bắt đầu cướp phá Edo với danh nghĩa giải phóng họ khỏi sự cai trị của Tendoshuu.
Bị kẹt trong cuộc đọ súng giữa hai lực lượng hùng mạnh ngang nhau, liệu Gintoki, Kagura, Shinpachi và các học trò cũ của Shouyou Yoshida có thể gạt bỏ sự khác biệt của họ sang một bên và đoàn kết đồng minh để bảo vệ những gì họ yêu quý?