Tenma Matsukaze là học sinh mới của trường trung học cơ sở Raimon. Vì yêu thích bóng đá, anh ấy quyết định tham gia đội bóng đá của trường, đội đã nổi tiếng sau màn trình diễn tuyệt vời được thể hiện mười năm trước tại Football Frontier International, một giải đấu quy tụ các đội trẻ xuất sắc nhất thế giới. Thật không may, ngôi trường nổi tiếng một thời không còn tinh thần bóng đá mà nó từng yêu thích.
Điều này chủ yếu là do bóng đá ở Nhật Bản hiện đang được kiểm soát bởi một thực thể đen tối được gọi là "Khu vực thứ năm". Họ một mình quyết định số phận của mọi trận đấu, hướng dẫn các đội thắng hoặc thua. Các hành động của Khu vực thứ năm đã đánh bại các đội bóng đá của đất nước, những người không còn yêu thích trò chơi này nữa.
Tenma và các đồng đội của mình sẽ tìm cách thay đổi mô hình này và chiến đấu chống lại những kẻ áp bức xấu xa của họ. Rất may, họ sẽ không đơn độc trong trận chiến này, vì họ sẽ nhận được sự giúp đỡ từ một nhóm được gọi là "Kháng chiến". Cổ vũ cho các chàng trai của Inazuma Eleven Go khi họ chiến đấu hết mình!