Khi Kanako Miyamae chuyển đến một trường nữ sinh mới, cô hy vọng sẽ tìm được tình yêu đích thực. Thay vào đó, những gì cô ấy tìm thấy là Mariya Shidou xinh đẹp, một người bạn cùng lớp duyên dáng mà Kanako đã gặp vào ngày đầu tiên của cô ấy. Nhưng Mariya có một khuyết điểm: cô ấy thực sự là một cậu bé mặc đồ xuyên thấu! Sau khi phát hiện ra bí mật của Mariya và mắc kẹt với anh ta với tư cách là bạn cùng phòng của cô, cuộc đời của Kanako trở thành một chuỗi bất hạnh. Tất cả những gì cô ấy muốn là tìm được cô gái trong mộng của mình, điều khó có thể thực hiện được với sự can thiệp của Mariya tàn bạo và cô hầu gái sắc sảo Matsurika Shinouji của anh ta.
Maria†Holic Alive tiếp tục câu chuyện về Kanako khi cô đối mặt với việc trở thành bạn cùng phòng của Mariya và mong muốn tìm thấy tình yêu đích thực, đồng thời chịu đựng chính trường trung học.