Sau thất bại của Myouri Unzen dưới tay của Kurokami Medaka và Hội học sinh của cô ấy, hòa bình đã trở lại với Học viện Hakoniwa — ít nhất là trong một thời gian ngắn. Chẳng bao lâu sau, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune và Mogana Kikaijima bị cuốn vào một âm mưu thâm độc khác, được gọi là "Kế hoạch Flask", do chính hiệu trưởng của trường đứng đầu.
Tuy nhiên, vấn đề đầu tiên của hội đồng là đối phó với một nhóm hoàn toàn mới gồm những học sinh siêu phàm tự xưng là "Đảng Mười Ba", do Oudo Miyakonojou tự cao tự đại nhưng mạnh mẽ lãnh đạo. Với Kế hoạch Flask bí ẩn, sự độc tài của Oudo và sự trỗi dậy của kẻ thù cũ, tình trạng của Học viện Hakoniwa không còn yên tĩnh, và Medaka và đồng bọn của cô ấy đã nhúng tay vào vì mọi thứ chỉ trở nên bất thường hơn rất nhiều.