Vào năm 2314 sau Công Nguyên, thế giới hòa bình. Nhờ sự hy sinh của Celestial Being và các phi công bộ đồ di động của nó, người dân Trái đất trải qua thời kỳ thịnh vượng và thống nhất, tận hưởng cuộc sống yên bình từng được cho là không thể. Celestial Being, một tổ chức từng được Liên đoàn Earth Sphere cho là kẻ phản diện, giờ đây đã tồn tại trong nhận thức của công chúng như một nhóm anh hùng, được tôn vinh trong phim và văn hóa.
Khi một mối đe dọa ngoài Trái đất đến trên Trái đất, đe dọa sự trì trệ bình tĩnh mới có được, Celestial Being bắt đầu hoạt động trở lại. Được dẫn dắt bởi phi công ace Setsuna F. Seiei, các Gundam Meisters của nhóm chiến đấu với các thế lực thù địch ngoài hành tinh, hợp tác với các đối thủ cũ để bảo vệ loài người khỏi sự diệt vong nhất định.