Thế giới chìm trong cuộc chiến tuyệt vọng kéo dài ba thập kỷ chống lại BETA - một giống loài ngoài hành tinh đã xâm chiếm hành tinh này vào năm 1973. Giữa sự hỗn loạn này, một học sinh trung học tên là Takeru Shirogane đột nhiên tỉnh dậy sau một cơn ác mộng kinh hoàng mà cậu nhìn thấy. loài người trong sự thất bại hoàn toàn. Ngay sau đó, anh nhận ra rằng giấc mơ của mình không gì khác hơn là những hồi ức về cuộc sống của anh trong một vũ trụ thay thế. Trong những ký ức đó, dự án Alternative V được triển khai, đưa hàng trăm nghìn người vào vũ trụ như một phương sách cuối cùng để bảo tồn loài người, trong khi để hàng tỷ người còn lại trên Trái đất phải chịu số phận nghiệt ngã.
Mong muốn thay đổi tương lai nghiệt ngã này, Takeru gia nhập một căn cứ quân sự ở Yokohama, nơi từng là trường trung học cũ của anh. Tại đây, anh đã thuyết phục được phó chỉ huy của căn cứ và là người đứng đầu dự án Alternative IV, Giáo sư Yuuko Kouzuki, để ngăn chặn Alternative V xảy ra. Để đảm bảo sự thành công của Alternative IV, Takeru phải điều khiển những cỗ máy hình người khổng lồ Máy bay chiến đấu bề mặt chiến thuật (TSF) cùng với các học viên của mình. Tuy nhiên, anh ta chỉ có hai tháng để hoàn thành khóa đào tạo và khai thác một phần kiến thức của mình về tương lai e rằng thảm kịch tiếp theo sẽ xảy ra.