Sau khi được cử đi điều tra vụ mất tích đáng báo động của bốn ninja có giới hạn huyết thống đến từ các quốc gia khác nhau, Hatake Kakashi, Uzumaki Naruto, Haruno Sakura và Sai đã khám phá thành công tung tích của họ và thông báo cho Hokage. Thật bất ngờ, những sắp xếp tiếp theo của Tsunade thất bại khi Hiruko - kẻ chủ mưu đằng sau vụ việc và cũng là một cựu ninja làng Lá bị ám ảnh bởi sức mạnh - xuất hiện để thông báo rằng anh ta đã hấp thụ những khả năng độc nhất vô nhị của các ninja mất tích. Trên bờ vực trở nên bất khả chiến bại, anh ta tìm kiếm thêm một giới hạn huyết thống nữa trước khi bắt đầu một cuộc chiến tổng lực để chiếm lấy thế giới.
Khi mối quan hệ trong quá khứ của làng Lá với Hiruko làm dấy lên nghi ngờ giữa các quốc gia về sự dính líu của nó vào vụ việc, Tsunade nhận được tối hậu thư phải giải quyết cuộc khủng hoảng. Không còn lựa chọn nào khác, cô quyết định đi theo sự dẫn dắt của Kakashi sau khi anh đưa ra một kế hoạch táo bạo nhưng có lợi một đề xuất có thể khiến anh phải chết. Tuy nhiên, Naruto phản đối một kế hoạch như vậy! Bất chấp quyết định của Hokage, cậu quyết tâm cứu sống thầy mình, cho dù điều đó có nghĩa là phải chiến đấu với bạn bè cũng như kẻ thù.