Khi mùa thay đổi từ mùa xuân sang mùa hè, Makoto Yuuki vẫn ở bên cạnh Đội thực thi ngoại khóa chuyên biệt (SEES). Đội tiếp tục đánh bại các Shadows lớn nhỏ, nhưng giờ đây họ đụng độ với một kẻ thù mới: Strega, một nhóm người dùng Persona lừa đảo muốn giữ Giờ đen tối làm lợi thế cho mình có vẻ như Strega có thể nắm giữ manh mối về Giờ đen tối Thiên nhiên thật sự.
Trong khi SEES tận hưởng kỳ nghỉ hè ở Yakushima, họ có sự tham gia của Aegis, một người máy mất trí nhớ được thiết kế để tiêu diệt Shadows. Trong khi cô ấy chứng tỏ mình là một đồng minh mạnh mẽ, cô ấy bị Makoto thu hút một cách khó hiểu và luôn ở bên cạnh anh ấy. Khi họ tìm hiểu sâu hơn về những bí ẩn của Giờ đen tối, bản chất của mối liên hệ bí ẩn gắn kết hai người này với nhau dần dần được hé lộ.