Kazamatsuri, một thành phố hiện đại, phát triển nổi tiếng với cây xanh đang phát triển và nền văn hóa Nhật Bản phong phú, là quê hương của Kotarou Tennouji, một học sinh trung học ít hiểu biết nhất về các giá trị chung của nơi này. Bằng lòng lấp đầy túi của mình bằng sự phù phiếm, cậu bé kiêu hãnh và tọc mạch đã bỏ thời gian để làm phiền Haruhiko, một kẻ du côn tự xưng, và đắm chìm trong tình cảm của mình với Kotori kỳ quặc.
Được trang bị khả năng siêu phàm có thể viết lại vĩnh viễn bất kỳ bộ phận nào trên cơ thể để nhân lên gấp bội sức mạnh hoặc tốc độ của mình, Kotarou bị thu hút bởi siêu nhiên một cách tự nhiên. Một cuộc gặp gỡ đặc biệt với thành viên duy nhất và chủ tịch của Câu lạc bộ Nghiên cứu Huyền bí, "Phù thủy" Akane Senri, dẫn đến việc Kotarou hồi sinh Câu lạc bộ Huyền bí bằng cách chiêu mộ Kotori và ba thành viên khác: học sinh chuyển trường vụng về Chihaya, lớp trưởng nghiêm khắc Lucia, và Shizuru khiêm tốn. Khi Kotarou tiết lộ những bí mật ẩn giấu của từng thành viên trong Câu lạc bộ huyền bí thông qua những cuộc phiêu lưu chung của họ, anh chắc chắn sẽ gặp phải một số phận mà chỉ anh mới có thể viết lại.