Sự bất kính điển hình của Sonic the Hedgehog dẫn đến những viên ngọc lục bảo hỗn loạn được thèm muốn bị bắt trong làn đạn và trở nên không ổn định ngay trước khi kích hoạt. Kết quả là hệ thống kiểm soát hỗn loạn nhấn chìm mọi thứ trong hàng dặm xung quanh căn cứ của Tiến sĩ Eggman, và với thông tin đầu vào hỗn loạn, không ai có thể dự đoán được kết quả.
Bị cô lập khỏi bạn bè cũng như kẻ thù, Sonic tỉnh dậy trong một thế giới xa lạ: một thành phố vô danh được bao quanh bởi những con người bí ẩn. Anh ta nhận ra rằng mình đã bị dịch chuyển xuyên vũ trụ đến một hành tinh hoàn toàn khác Trái đất. Khi vội vã chạy trốn khỏi các nhà chức trách đang bối rối không kém, Sonic thấy mình rơi thẳng xuống vực thẳm của gia đình Thorndyke lừng lẫy.
Rất may, Christopher, con trai của Thonrdykes, đã cứu Sonic và đưa ra sự bảo vệ khỏi một xã hội lầm tưởng rằng anh ta là kẻ thù. Được gia đình che chở, Sonic quyết tâm tập hợp lại với những người bạn của mình, cứu thế giới mới này khỏi mối đe dọa mà anh mang đến cho họ và tìm đường về nhà.