Thành phố Học viện, Nhật Bản, đi đầu trong lĩnh vực khoa học. Bên cạnh việc đi trước thế giới 30 năm về mặt công nghệ, hơn 3/4 dân số của thành phố đặc biệt này bao gồm các sinh viên đang phát triển khả năng tâm linh của mình như những siêu năng lực gia trong nhiều cơ sở giáo dục khác nhau. Trong số những học sinh này có Touma Kamijou, một nam sinh trung học có thứ hạng tâm linh thấp nhất là 0, nhưng với một sức mạnh bí ẩn mà không một nhà khoa học nào có thể hiểu được: "Imagine Breaker," cho phép cậu ta phủ nhận những khả năng siêu nhiên khác.
Tuy nhiên, điều này không ảnh hưởng đến cuộc sống của Kamijou ít nhất vì anh ấy đóng vai trò là một thiếu niên bình thường; nghĩa là, cho đến khi anh gặp Index Librorum Pro ức chế kỳ lạ, một cô gái trẻ đã ghi nhớ toàn bộ các cuốn ma đạo thư bị cấm, và bây giờ một tổ chức nguy hiểm đang săn lùng Index. Với một số pháp sư tìm cách hãm hại cô gái, Kamijou sẽ bảo vệ người bạn đồng hành mới của mình bằng mọi giá khi anh khám phá ra một thế giới siêu nhiên mới lạ.