Bị ám ảnh bởi việc trả thù Vua trò chơi, Seto Kaiba bắt đầu một cuộc khai quật ở Ai Cập để tìm những mảnh vỡ của Câu đố Thiên niên kỷ, thứ từng lưu giữ linh hồn của "Yugi đối tác". Tuy nhiên, một người đàn ông mặc áo choàng đã đánh cắp hai mảnh ghép của Câu đố và biến mất trước khi nó có thể được tái tạo lại. Trong khi đó, hiện đang học năm cuối trung học, Yuugi Mutou và những người bạn của mình lên kế hoạch cho tương lai của họ mà không hề hay biết về mối nguy hiểm đang rình rập cận kề.
Yu☆Gi☆Oh! The Dark Side of Dimensions kể câu chuyện về các thế lực báo thù bóp méo thực tế theo bất cứ cách nào chúng muốn. Seto và Yuugi sẽ vượt qua sự khác biệt của họ và cứu thế giới, hay lòng tham của chính Seto sẽ khiến anh ta trở nên tốt hơn?