Dưới sự bao phủ của bóng tối, một samurai đeo mặt nạ đã sát hại năm người đàn ông trên khắp đô thị của Nhật Bản: ba người ở Tokyo, một người ở Osaka và người cuối cùng ở Kyoto. Trong cuộc điều tra của họ, cảnh sát biết được rằng mỗi người đàn ông đều là thành viên của Genjibotaru - một băng nhóm trộm tập trung vào việc đánh cắp các bức tượng và đồ tạo tác của Phật giáo và những người này có tên là những người hầu của Minomoto no Yoshitune.
Không có động cơ rõ ràng hoặc manh mối về danh tính của các thành viên khác, vụ án trở nên bế tắc cho đến khi một ngôi đền ở Kyoto kêu gọi Kogorou Mouri nổi tiếng. Nhận được một lá thư nặc danh chứa một câu đố kỳ lạ, các nhà sư trong chùa nhờ anh ta giúp giải nó để lấy lại bức tượng đã mất từ lâu của họ. Trong khi đó, Conan Edogawa và thám tử trung học Heiji Hattori hợp tác để giải câu đố khó hiểu và tìm ra kẻ giết người, khi Hattori tìm kiếm tình yêu thời thơ ấu của mình.
Khi Hattori biết về Kyoto, cả hai lùng sục khắp các con phố và dần dần khám phá ra sự thật, nhưng không phải trước khi kẻ sát nhân tấn công một lần nữa - giết một thành viên Genjibotaru khác và sau nhiều lần cố gắng lấy mạng Hattori, cuối cùng bắt cóc người yêu thời thơ ấu của Hattori. Chỉ bằng cách làm việc cùng nhau để đưa những manh mối bị chôn vùi ra ánh sáng, Conan và Hattori mới có thể hy vọng chấm dứt cuộc đổ máu của những samurai bất hảo và cứu được tình yêu của Hattori.