Khi Những đứa trẻ được chọn và đối tác Digimon của chúng sống hạnh phúc cùng nhau trong thế giới loài người, Taichi Yagami và Yamato Ishida, cùng với những người bạn của họ, cống hiến hết mình để duy trì nền hòa bình khó kiếm được này. Mặc dù được thống nhất bởi trách nhiệm bẩm sinh này, nhưng mỗi người đã bắt đầu thực hiện những bước đầu tiên hướng tới một tương lai vượt ra ngoài việc trở thành Đứa trẻ được chọn.
Tuy nhiên, hành trình mới này bị gián đoạn bởi sự xuất hiện của Menoa Bellucci, một giáo sư người Mỹ chuyên nghiên cứu về Digimon. Cô ấy báo tin về một số Đứa trẻ được chọn từ khắp nơi trên thế giới được tìm thấy trong tình trạng hôn mê, với đối tác của chúng là Digimon thì không thấy đâu. Các cuộc điều tra của Menoa chỉ ra rằng một giống Digimon mới đứng đằng sau hiện tượng đáng báo động: Eosmon, kẻ ẩn mình trong chiều sâu của internet.
Để thành công trong nhiệm vụ này, cả đội phải nỗ lực vượt qua khoảng cách ngày càng lớn giữa họ và đoàn kết với nhau lần cuối.