Khi gặp nhau lần đầu tiên, chiến binh đường phố bất bại Daimon, Masaru và Digimon Agumon phản bội đã trở thành bạn bè theo cách tự nhiên nhất có thể đối với bộ đôi chặt đầu - bằng cách chiến đấu hết mình. Đội tự xưng là "đội tối thượng" được tuyển dụng bởi một tổ chức bí mật của chính phủ có tên là Digimon Data Squad, hay DATS, người đã chứng kiến một trận đánh không thể tin được của con người vì một cú đánh bằng Digimon. Mục tiêu chính của họ là điều tra những vấn đề bí ẩn do Digimon xâm nhập vào thế giới thực, và thế giới hiện đang trong giai đoạn khủng hoảng với việc Digimon xuất hiện với tốc độ chưa từng có.
Tham gia vào các nhiệm vụ khác nhau với DATS, Daimon và Agumon trở thành đồng nghiệp của thiên tài tuổi vị thành niên Touma Norstein và đối tác Digimon của anh ta là Gaoman, cùng với Yoshino "Yoshi" Fujeda tốt bụng và đối tác Digimon của cô là Lalamon. Khi cả nhóm tiếp tục điều tra sự gia tăng nhanh chóng của Digimon trong thế giới của họ, một sự thật đen tối hơn bắt đầu lộ ra, và Daimon, Agumon và bạn bè của họ phải đi đến tận cùng của sự việc.