Vào một ngày hè ấm áp, một cậu bé nghe thấy tiếng chuông ngân vang, như thể đang ăn mừng, ở ngọn núi gần nhà. Vài năm sau tại cùng ngọn núi đó, chàng trai Ginko mushishi bắt gặp một cô gái kỳ lạ với đám cỏ dại mọc trên cơ thể. Ngay sau đó, Ginko tình cờ gặp cậu bé Yoshiro giờ đã trưởng thành trên đường xuống núi. Với sự giúp đỡ của Yoshiro, Ginko sớm bắt đầu khám phá ra cô gái bí ẩn này là ai và chuyện gì đã xảy ra với cô ấy.
Một bản chuyển thể của phần cuối cùng trong manga, Mushishi Zoku Shou: Suzu no Shizuku theo sau cuộc hành trình kỳ lạ của Ginko giữa những điều huyền bí để làm sáng tỏ bí ẩn đằng sau cô gái bí ẩn tên là Kaya và ngọn núi đã trở thành nhà của cô ấy.