Sau khi tham gia Johto League, Satoshi quyết định bắt đầu lại một cuộc hành trình khác; lần này là của chính anh ấy và Pikachu, ở vùng đất Houen. Mặc dù anh ấy không ở một mình lâu, nhưng Haruka, 10 tuổi (không thích Pokemon, nhưng chỉ muốn đi cùng để khám phá thế giới) đã đi cùng anh ấy sau khi Pikachu phá hủy chiếc xe đạp của cô ấy. Satoshi cũng gặp lại người bạn đồng hành cũ của mình, Takeshi, và em trai của Haruka, Masato. Cùng nhau, họ đi du lịch trong Houen, chiến đấu với các Thủ lĩnh phòng tập thể dục, tham gia các Cuộc thi và các sự kiện khác trên đường đến Liên minh Houen.