Sau một năm ở Mỹ, Kurisu Makise trở lại Akihabara và đoàn tụ với Rintarou Okabe. Tuy nhiên, cuộc hội ngộ của họ bị cắt ngắn khi Okabe bắt đầu trải nghiệm những dòng thời gian khác lặp đi lặp lại khi hậu quả của việc du hành thời gian của anh bắt đầu bộc lộ. Những tác dụng phụ này cuối cùng lên đến đỉnh điểm khi Okabe đột ngột biến mất khỏi thế giới, và chỉ Kurisu giật mình mới có bất kỳ ký ức nào về sự tồn tại của anh ta.
Giữa lúc tuyệt vọng, Kurisu phải đối mặt với một sự lựa chọn thực sự khó khăn sẽ thử thách cả nghĩa vụ của cô với tư cách là một nhà khoa học và lòng trung thành của cô với tư cách là một người bạn: làm theo lời khuyên của Okabe và tránh du hành xuyên thời gian để tránh những hậu quả tiềm tàng mà nó có thể gây ra cho thế giới. dòng thế giới, hoặc bỏ qua nó để giải cứu người mà cô ấy trân trọng nhất. Bất kể quyết định của cô ấy là gì, con đường cô ấy chọn là con đường sẽ ảnh hưởng đến quá khứ, hiện tại và tương lai.