Cuộc chiến Chén Thánh: một trận chiến bạo lực giữa các pháp sư, trong đó bảy chủ nhân và những người hầu được triệu hồi của họ chiến đấu để giành Chén Thánh, một hiện vật ma thuật có thể ban cho người chiến thắng bất kỳ điều ước nào. Gần 10 năm trước, trận chiến cuối cùng của Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ tư đã tàn phá thành phố Fuyuki và cướp đi sinh mạng của 500 người, khiến thành phố bị tàn phá nặng nề.
Shirou Emiya, một người sống sót sau thảm kịch này, khao khát trở thành một anh hùng của công lý như người cứu và cha nuôi của mình, Kiritsugu Emiya. Mặc dù chỉ là một học sinh, Shirou bị ném vào Cuộc chiến Chén Thánh lần thứ năm khi anh vô tình nhìn thấy trận chiến giữa những người hầu ở trường và triệu tập người hầu của chính mình, Saber.
Khi một bóng đen bí ẩn bắt đầu cuộc chiến giết người ở thành phố Fuyuki, Shirou tự liên kết với Rin Toosaka, một người đồng tham gia Cuộc chiến Chén Thánh, để ngăn chặn cái chết của vô số người. Tuy nhiên, tình cảm của Shirou dành cho người bạn thân Sakura Matou đã đưa anh đi sâu hơn vào những bí mật đen tối xung quanh cuộc chiến và những gia đình thù địch có liên quan.