Sau khi một địa ngục bí ẩn giết chết gia đình anh, Shirou được Kiritsugu Emiya cứu và nhận làm con nuôi, người đã dạy anh về phép thuật và công lý.Vào một đêm, nhiều năm sau cái chết của Kiritsugu, Shirou đang dọn dẹp ở trường, thì anh phát hiện ra mình bị kẹt giữa cuộc chạm trán chết người giữa hai siêu nhân được gọi là Servant. Trong khi cố gắng trốn thoát, cậu bé bị một trong những Servant bắt được và nhận một vết thương nguy hiểm đến tính mạng. Thật kỳ diệu, anh ta sống sót, nhưng Servant tương tự quay trở lại để hoàn thành những gì anh ta bắt đầu. Trong cơn tuyệt vọng, Shirou triệu hồi một Servant của riêng mình, một hiệp sĩ tên là Saber. Cả hai giờ phải tham gia vào Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm, một trận chiến của bảy Servant và các pháp sư đã triệu hồi họ, với phần thưởng lớn không ai khác chính là Chén Thánh toàn năng.
Fate / stay night theo chân Shirou khi anh đấu tranh để tìm ra ranh giới tốt đẹp giữa một anh hùng và một kẻ giết người, lý tưởng của anh xung đột với thực tế khắc nghiệt xung quanh anh. Cậu bé sẽ trở thành một anh hùng như cha nuôi của mình, hay cố gắng chết?