Cuộc Chiến Chén Thánh là một trận chiến giữa bảy pháp sư làm Master. Các Master, thông qua việc sử dụng các con dấu chỉ huy mà họ được cấp khi tham gia cuộc chiến, chỉ huy các Anh hùng được gọi là Servant chiến đấu cho họ trong trận chiến. Trong Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm, Rin Toosaka là một trong những pháp sư tham gia cuộc thi. Với Servant của mình, Archer, cô ấy hy vọng sẽ giành được phần thưởng cuối cùng — Chén Thánh, một hiện vật ma thuật có khả năng ban cho người sở hữu nó bất kỳ điều ước nào.
Một trong những người bạn cùng lớp của Rin, Emiya Shirou, vô tình tham gia cuộc thi và cuối cùng chỉ huy một Servant của riêng anh ta được gọi là Saber. Khi họ thấy mình phải đối mặt với kẻ thù chung, Rin và Shirou quyết định thành lập một liên minh tạm thời khi họ thách thức đối thủ của mình trong Cuộc chiến Chén Thánh.